Регионом деятельности МОТ определены г. Москва и Московская область. В её структуре будут функционировать 19 таможенных постов: Вашутинский, Волоколамский, Давыдовский, Дмитровский, Заводской, Каширский, Коломенский, Краснозаводский, Ленинградский, Лобненский, Лыткаринский, Львовский, Мамонтовский, Можайский, Сергиево-Посадский, Ступинский, Сходненский, Черноголовский таможенные посты и таможенный пост Кубинка.
Контроль за складами временного хранения /СВХ/ и таможенными складами, находившимися в регионе деятельности Зеленоградской, Ногинской и Щёлковской таможен, а так же выдача новых свидетельств о включении в Реестр владельцев СВХ и таможенных складов юридическим лицам будет осуществляться Московской областной таможней.
До 1 января 2011 года режим работы таможенных постов Зеленоградской, Ногинской и Щёлковской таможен не изменится. Грузовые таможенные декларации, зарегистрированные Зеленоградской, Ногинской и Щёлковской таможнями, которые не будут оформлены в соответствии с таможенными процедурами до 20 января 2010 года, будут выпущены Московской областной таможней. Центральное таможенное управление предлагает участникам внешнеэкономической деятельности заблаговременно определить места дальнейшего декларирования товаров и, в соответствии с этим, перераспределить свои грузопотоки.