Как сообщалось ранее, МНС провело повторную проверку НК "ЮКОС" за 2000 г. По окончании проверки министерство составило акт проверки от 29 декабря 2003 г, а затем вынесло решение от 14 апреля 2004 г о привлечении "ЮКОСа" к налоговой ответственности и об уплате компанией налогов, пени и штрафных санкций на сумму 99375538234,4 руб.
МНС обратилось в арбитражный суд Москвы с иском о взыскании с НК "ЮКОС" этой суммы. 26 мая суд частично удовлетворил иск МНС и обязал взыскать с нефтяной компании налоги, пени и штрафы на сумму свыше 99,375 млрд руб. Также суд обязал управляющую компанию ООО "ЮКОС-Москва" совершить действия по уплате "ЮКОСом" налогов. Вместе с тем суд не удовлетворил требование о взыскании с "ЮКОСа" около 400 тыс руб, заявленных в общей сумме исковых требований. На решение суда от 26 мая МНС, НК "ЮКОС" и "ЮКОС-Москва" подали апелляционные жалобы. Апелляционная инстанция арбитражного суда Москвы 29 июня отклонила все три жалобы и в тоже время изменила решение суда первой инстанции уменьшив на 32 млн руб сумму, которую "ЮКОС" обязан уплатить в бюджет. В остальной части решение суда первой инстанции оставлено без изменения.
В свою очередь, "ЮКОС" подал иск о признании незаконным решения МНС от 14 апреля. На 11 июня суд назначил основные слушания по иску "ЮКОСа", но дело не было рассмотрено из-за того, что суд удовлетворил заявление МНС об отводе судьи, рассматривающей это дело. Дело было передано другому судье, который назначил слушание на 19 июля. Однако 19 июля судья, который должен был рассматривать иск "ЮКОСа" заявил самоотвод, который также был удовлетворен. Дело к рассмотрению принял новый судья.