Причиной инцидента стала ошибка инженеров-электриков. Произошло короткое замыкание, после чего сработала автоматика, которая аварийно остановила 2-й блок. Потребители нехватки электроэнергии не почувствовали, поскольку включились резервные литовские мощности, а также был задействован оперативный резерв энергетического импорта, в том числе из России 300 мегаватт.
1-й блок единственной в странах Балтии Игналинской АЭС с реакторами РБМК чернобыльского типа по требованию Евросоюза Литва остановила 31 декабря 2004 г, 2-й должен прекратить работу в 2009 г.