Мониторинг представляет собой систему наблюдений, оценки и прогноза изменений состояния водных объектов, находящихся в федеральной собственности, собственности субъектов РФ, муниципальных образований, физических и юридических лиц. Мониторинг осуществляется в целях своевременного выявления и прогнозирования развития негативных процессов, влияющих на качество воды в водных объектах и их состояние, разработки и реализации мер по предотвращению негативных последствий этих процессов; оценки эффективности мероприятий по охране водных объектов; информационного обеспечения управления в области использования и охраны водных объектов, в том числе в целях госконтроля и надзора за использованием и охраной водных объектов.
Мониторинг включает в себя регулярные наблюдения за состоянием водных объектов, количественными и качественными показателями состояния водных ресурсов, а также за режимом использования водоохранных зон; сбор, обработку и хранение сведений, полученных в результате наблюдений; внесение сведений, полученных в результате наблюдений, в государственный водный реестр; оценку и прогнозирование изменений состояния водных объектов, количественных и качественных показателей состояния водных ресурсов.
Предусмотрены мониторинг поверхностных водных объектов с учетом данных мониторинга, осуществляемого при проведении работ в области гидрометеорологии и смежных с ней областях; мониторинг состояния дна и берегов водных объектов, а также состояния водоохранных зон; мониторинг подземных вод с учетом данных государственного мониторинга состояния недр; наблюдения за водохозяйственными системами, в том числе за гидротехническими сооружениями, а также за объемом вод при водопотреблении и водоотведении.
Мониторинг осуществляется в границах бассейновых округов с учетом особенностей режима водных объектов, их физико-географических, морфометрических и других особенностей.
Организация и осуществление мониторинга проводятся Федеральным агентством водных ресурсов, Федеральным агентством по недропользованию, Федеральной службой по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды и Федеральной службой по надзору в сфере природопользования с участием уполномоченных органов исполнительной власти субъектов РФ.
При проведении мониторинга используются сведения, полученные в результате наблюдений за водными объектами и водохозяйственными системами, в том числе за гидротехническими сооружениями, другими заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, с которыми взаимодействуют участники ведения мониторинга, а также сведения, полученные в результате наблюдений собственниками водных объектов, водопользователями и недропользователями. Ведение мониторинга осуществляется на основе унификации программных средств, обеспечивающих совместимость его данных с данными других видов мониторинга окружающей среды.
Представление данных мониторинга и обмен ими между федеральными органами исполнительной власти, а также органами исполнительной власти субъектов РФ осуществляется на безвозмездной основе.