В частности, комиссия будет координировать работы по изучению, воспроизводству, использованию и охране природных ресурсов Байкальской природной территории, сохранению биологического разнообразия, обеспечению экологической безопасности, решению социально-экономических задач региона на принципах устойчивого развития.
В задачи комиссии также входит совершенствование нормативно-правового регулирования в области охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов Байкальской природной территории; осуществление государственного мониторинга окружающей среды /экологического мониторинга/ уникальной экологической системы озера Байкал; выполнение обязательств Российской Федерацией в сфере охраны озера Байкал как участка всемирного природного наследия ЮНЕСКО и др.