Согласно Федеральному закону Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации возглавляет Первый заместитель Генерального прокурора Российской Федерации - Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, который назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по представлению Президента Российской Федерации.
Федеральным законом также предусмотрено, что Положение о Следственном комитете при прокуратуре Российской Федерации утверждается Президентом Российской Федерации,
Федеральным законом изменяется процессуальный статус прокурора в досудебном производстве. За прокурором сохраняются в основном функции надзора за соблюдением законности при производстве дознания и предварительного следствия. Функции производства дознания и предварительного следствия возлагаются на следователей и дознавателей, на руководителей следственных органов и начальников органов дознания. С учетом необходимости осуществления контроля за дознанием сохранены также полномочия прокурора по надзору за данной формой расследования.