На Коллегии отмечалось, что существующая нормативно-правовая база, регламентирующая вопросы охраны водных биоресурсов, не носит системный характер, приводит к дублированию функций органов исполнительной власти и порождает риски возникновения конфликта интересов в сфере охраны водных биоресурсов. Порядок госконтроля в области охраны, воспроизводства и использования объектов животного мира и среды их обитания до настоящего времени не установлен. Государственные полномочия по охране водных биоресурсов, переданные субъектам Федерации, не могут быть в полной мере реализованы, т.к. в соответствии с законодательством субъекты Федерации осуществляют охрану лишь отдельных видов водных биоресурсов во внутренних водных объектах. Кроме того, в Кодексе РФ об административных правонарушениях отсутствуют полномочия у должностных лиц органов субъекта Федерации по составлению протоколов об административных правонарушениях, а также рассмотрению административных дел.
Проверка показала, что в 2008 г. проверяемые субъекты Федерации для осуществления переданных полномочий в области использования и охраны водных биоресурсов располагали средствами в объеме 2,8 млн. руб. /в том числе остаток на начало года 1,35 млн. руб./ и фактически израсходовали 36,4 процента от общего объема средств. В 2009 г. субъектами Федерации было получено более 1 млн. руб.
Как отмечалось в материалах Коллегии, проблема охраны водных биоресурсов в бассейне Каспийского моря носит комплексный характер. Несмотря на предпринимаемые государством дополнительные меры по охране ценных видов рыб, в полной мере не удалось справиться с ее незаконным выловом, что подтверждается сохраняющейся негативной тенденцией роста совершения правонарушений в этой сфере, и, прежде всего, браконьерства.
Коллегия решила направить представления в МВД и ФСБ России, а также информационные письма в Правительство России, Росрыболовство и МИД России. Отчет о результатах проверки направляется в палаты Федерального Собрания, полномочным представителям Президента в Южном и Северо-Кавказском федеральных округах, Счетную палату Республики Дагестан, Контрольно-бюджетную палату Госдумы Астраханской области и Контрольно-счетную палату Республики Калмыкия. Кроме того, было решено направить информацию о проведенном контрольном мероприятии Председателю Комитета Совета Федерации по обороне и безопасности.