На Коллегии отмечалось, что в 2009 году ФТС России и ее региональными таможенными органами проведена значительная работа по совершенствованию администрирования таможенных платежей. Вместе с тем, в 2009 году имели место задержки в перечислении ФТС России таможенных платежей в федеральный бюджет, поступивших в предыдущие годы.
В 2009 году, также и в предыдущие годы, проверкой Счетной палаты установлены случаи задержки таможенными органами возврата излишне уплаченных /взысканных/ платежей участникам внешнеэкономической деятельности на срок от 2 до 245 дней.
Также в ходе проверки выявлено, что за 2009 год совокупная сумма задолженности по уплате таможенных платежей, пеней и штрафов несколько снизилась. Вместе с тем ее размеры продолжают оставаться значительными. По состоянию на 1 января 2010 года совокупная сумма задолженности участников внешнеэкономической деятельности составила 73,9 млрд. рублей.
В материалах, представленных на Коллегии, отмечается, что одним из актуальных нерешенных вопросов остается зависимость таможенных органов от коммерческих организаций в связи с размещением подразделений таможенных органов в помещениях, находящихся в собственности коммерческих организаций. В 2009 году таможенные органы арендовали помещения для размещения своих подразделений общей площадью 38,9 тыс. кв. метров, при этом было израсходовано 211 млн. рублей.
Коллегия решила направить представление в ФТС России, информационное письмо - в Правительство России. Заключение о результатах внешней проверки будет направлено в палаты Федерального Собрания одновременно с Заключением Счетной палаты на отчет об исполнении федерального бюджета за 2009 год.