В марте 2009 года Межрегиональной инспекцией Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7 /МИФНС России по КН № 7/ была завершена камеральная налоговая проверка уточненной декларации ОАО "СЗТ" по налогу на добавленную стоимость /НДС/ за январь 2006 года. По ее результатам МИФНС России по КН № 7 вынесла Решение об отказе в возмещении НДС ОАО "СЗТ" на сумму 88 млн.руб.
В сентябре 2009 года ОАО "СЗТ" оспорило Решение налогового органа в Арбитражном суде г.Москвы, который в январе 2010 года вынес Решение о признании недействительным Решения МИФНС России по КН №7 в части отказа в возмещении частично суммы налога на добавленную стоимость в размере 88 млн. Девятый Арбитражный апелляционный суд г.Москвы оставил решение Арбитражного суда первой инстанции без изменения, апелляционную жалобу МИФНС России по КН № 7 без удовлетворения.
Федеральный арбитражный суд Московского округа /суд кассационной инстанции/ своим Постановлением от 27.09.2010 оставил без изменения судебные акты судов первой и апелляционной инстанций, без удовлетворения – кассационную жалобу Межрегиональной инспекции Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7.
Как отметил директор департамента правового обеспечения ОАО "СЗТ" Николай Васильевич Немчинов, "добившись признания необоснованности отказа в возмещении налога на добавочную стоимость в размере 88 млн. рублей Межрегиональной инспекцией Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7, ОАО "СЗТ" подтвердило репутацию законопослушного налогоплательщика, действующего строго в рамках правового поля Российской Федерации".