Заполнение паспортов пунктов пропуска через государственную границу РФ организуется руководителем администрации пункта пропуска через государственную границу РФ и руководителями подразделений органов пограничного, таможенного, санитарно-карантинного, ветеринарного, карантинного фитосанитарного, транспортного и других видов контроля, осуществляющих деятельность в пункте пропуска, в пределах их компетенции.
Паспорт пункта пропуска через государственную границу РФ утверждается совместным решением руководителей контрольных органов и руководителя администрации пункта пропуска через государственную границу РФ.
Копии паспорта пункта пропуска через государственную границу РФ в 5-дневный срок после его утверждения направляются в Федеральное агентство по обустройству государственной границы РФ и федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие контроль в пунктах пропуска через госграницу РФ. Кроме того, копии паспорта пункта пропуска, в зависимости от классификации пунктов пропуска по виду международного сообщения, направляются в федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие функции по управлению госимуществом в сфере морского, речного, воздушного, железнодорожного и автомобильного транспорта.
В случае изменения характеристик пункта пропуска через государственную границу РФ, влияющих на его пропускную способность, утверждается новый паспорт пункта пропуска.