В 1989 г Л.Абалкин стал заместителем председателя совета министров СССР в правительстве Николая Рыжкова, главой правительственной комиссии по экономической реформе. Этот пост он занимал до конца 1990 г. Л.Абалкин также участвовал в руководстве разработкой альтернативной экономической программы в начале 1994 г. Академик считал, что России нужна не западная либеральная разновидность рынка, а социально ориентированная модель экономики, напоминающая китайскую.