16 апреля 2012 года Комиссия Федеральной антимонопольной службы (ФАС России) признала Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация) нарушившим ч.1 ст.15 закона «О защите конкуренции». Из источников СМИ в ФАС России поступила информация по сложившейся ситуации в ОАО «АК «ТРАНСАЭРО»: авиакомпания не смогла осуществлять международные нерегулярные (чартерные) перевозки пассажиров и грузов из Москвы в Рим, Милан и Венецию в зимнем периоде расписания 2011-2012 гг. в связи с тем, что была исключена из протокола допусков к чартерным полетам по этим направлениям.
ОАО «АК «ТРАНСАЭРО» неоднократно обращалось в адрес Росавиации с заявлениями о предоставлении допуска к выполнению международных нерегулярных (чартерных) воздушных перевозок и грузов по линиям Москва – Рим, Москва – Милан и Москва – Венеция в зимнем периоде расписания 2011-2012 гг. на основании возникших на временной основе у Российской стороны новых прав на осуществление международных нерегулярных (чартерных) воздушных перевозок пассажиров и грузов в направлении ряда городов Италии.
Однако Росавиация, которая осуществляет допуск перевозчиков, имеющих действующий сертификат эксплуатанта и лицензию на перевозки воздушным транспортом пассажиров и/или грузов, оставила заявления ОАО «АК «ТРАНСАЭРО» без рассмотрения. Такие действия Росавиации, по мнению комиссии ФАС России, приводят к ограничению конкуренции на рынке международных перевозок на линиях Москва – Рим, Москва – Милан и Москва – Венеция, и лишают потребителей в праве выбора авиаперевозчика, что приводит к завышению цен на авиабилеты.