Президент Владимир Путин 20 декабря 2013 года неожиданно для всех подписал указ о помиловании бывшего главы ЮКОСа Михаила Ходорковского, арестованного больше 10 лет назад – 25 октября 2003-ого. Ранее научный руководитель НИУ ВШЭ Евгений Ясин заявлял, что сегодняшние проблемы с деловым климатом уходят корнями именно в «дело ЮКОСа». После освобождения бизнесмена он отметил, что оно может изменить ситуацию к лучшему. Инвестиционный климат в 2013-ом подпортил отъезд из страны известных экономистов, допросы экспертов по «делу ЮКОСа» и «урезанная» экономическая амнистия. Так, в середине года были допрошены почти все эксперты-экономисты, дававшие рекомендации пересмотреть приговор Ходорковскому и его партнерам, в том числе тогдашний ректор Российской экономической школы Сергей Гуриев. В мае Гуриев уехал во Францию. А в октябре в США переехал бывший зампред Центробанка Сергей Алексашенко, его знакомые говорят об интересе к нему со стороны правоохранительных органов из-за «взаимодействия с политическими силами, которые расцениваются как оппозиционные».
Проект экономической амнистии, предложенной летом бизнес-омбудсменом Борисом Титовым, касался примерно 100 тыс. человек, осужденных по 52 статьям. Но Путин внес в Госдуму свою версию с 27 статьями, которая могла затронуть примерно 3 тыс. человек; она вступила в силу 4 июля, к началу декабря на свободу вышли примерно 1,5 тыс. человек. В течение года кардинальных улучшений по изменению предпринимательского климата в России не произошло, прогноз по оттоку капитала сохраняется на уровне $55-57 млрд, тогда как помощник президента Андрей Белоусов считает, что уровень в $60 млрд является критическим для страны показателем.