Межведомственная комиссия образована для согласования действий федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти Республики Бурятия, Иркутской и Читинской областей, Усть-Ордынского Бурятского автономного округа, по реализации государственной политики в области охраны озера Байкал.
В частности, комиссия будет координировать работы по изучению, воспроизводству, использованию и охране природных ресурсов Байкальской природной территории, сохранению биологического разнообразия, обеспечению экологической безопасности, решению социально-экономических задач региона на принципах устойчивого развития.
В задачи комиссии также входит совершенствование нормативно-правового регулирования в области охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов Байкальской природной территории; осуществление государственного мониторинга окружающей среды /экологического мониторинга/ уникальной экологической системы озера Байкал; выполнение обязательств РФ в сфере охраны озера Байкал как участка всемирного природного наследия ЮНЕСКО и др.