Проверка показала, что Роскосмос осуществлял исполнение ряда государственных функций без утвержденных в установленном порядке соответствующих административных регламентов. Кроме того, регламент самого Роскосмоса не прошел государственную регистрацию в Минюсте России.
Вопреки законодательству о сертификации и бюджетному законодательству, Роскосмос незаконно передал подведомственному предприятию часть своих функций по организации сертификации космической техники научного и социально-экономического назначения, а также имеющихся у него контрольных функций главного распорядителя бюджетных средств и государственного заказчика.
Кроме того, в нарушение законодательства о государственной гражданской службе Роскосмос, помимо государственных служащих, к исполнению своих функций на постоянной основе безвозмездно привлек более 200 работников подведомственного ему ФГУП "Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры". При этом граждане состояли в трудовых отношениях с Роскосмосом, а их труд оплачивался предприятием. Работники фактически исполняли должностные обязанности госслужащих Роскосмоса, однако не проходили конкурсный отбор, предусмотренный ст. 12 федерального закона "О государственной гражданской службе Российской Федерации", соответственно на них не распространялись установленные этим законом ограничения и запреты.
Также установлено, что Роскосмос не осуществлял надлежащий контроль за деятельностью подведомственных ему организаций. В нарушение ст. 295 Гражданского кодекса РФ, ст. 18 федерального закона "О государственных и муниципальных унитарных предприятиях" последние без согласия Роскосмоса сдавали в аренду недвижимое имущество, находящееся в государственной собственности. Почти 6 тыс кв м площадей объектов недвижимости, находящейся в федеральной собственности, предоставлены ими в аренду без проведения конкурса или аукциона. Подведомственные предприятия провели не все работы по получению правоустанавливающих документов на используемые ими земельные участки и объекты недвижимого имущества, в результате чего право собственности РФ на них не зарегистрировано.
При размещении заказов для государственных нужд Роскосмос допускал нарушения требований федерального закона "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд", которые создают условия для существенного ограничения прав субъектов предпринимательской деятельности, неэффективного расходования и хищения бюджетных средств. В ряде случаев конкурсной комиссией агентства к участию в размещении заказа допускались организации, не соответствующие установленным требованиям. Выявлены нарушения порядка информационного обеспечения размещения заказов. Имели место случаи ненадлежащего исполнения победителями конкурсов обязательств, предусмотренных государственными контрактами.
С целью устранения допущенных нарушений Генпрокуратура в декабре 2009 г внесла в адрес руководителя Роскосмоса представления, в которых предложила рассмотреть вопрос о привлечении виновных лиц к ответственности. В настоящее время указанные представления рассмотрены, агентство принимает меры по устранению выявленных нарушений.