В августе 2009 года Красноярское УФАС России провело внеплановую проверку в ходе которой установило, что ЗАО "Газпромнефть-Кузбасс" победило в запросе котировок на отпуск нефтепродуктов по талонам для транспортных средств водного управления в г.Кызыл и Республике Тыва в течение II полугодия 2009 года. ЗАО "Газпром нефть-Кузбасс" от заключения государственного контракта в том виде, который был предусмотрен извещением о проведении запроса котировок отказалось, предложив свой вариант государственного контракта, соответствующий принятым в холдинге "Газпромнефть" стандартам.
Действия ЗАО "Газпромнефть-Кузбас" были квалифицированны комиссией Красноярского УФАС России как уклонение от заключения государственного контракта, что явилось основанием для внесения сведений о компании в реестр. Для компании это означает то, что в течение двух лет она не сможет принимать участие в процедуре размещения заказов для государственных и муниципальных нужд на территории Российской Федерации.