В ходе контрольного мероприятия были выявлены нарушения и недостатки. Сумма по операциям, исполненным с нарушениями, составила 2,9 млрд. рублей.
Проверка показала, что в 2009 году Росрыболовство не осуществляло должный контроль за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью платежей, являющихся доходами бюджетной системы Российской Федерации. Так, не принимаются меры по взысканию в бюджет задолженности с Китайской Стороны в размере более 100 млн. рублей, включая штрафы, наложенные в судебном порядке, за нарушения правил промысла, допущенные китайскими рыбодобывающими организациями, в размере 87, 1 млн. рублей. В доход федерального бюджета от платы за пользование водными биологическими ресурсами по межправительственным соглашениям в 2009 году перечислено 1,2 млрд. рублей, вместо 1,5 млрд. рублей, предусмотренных прогнозом.
На Коллегии отмечалось, что в Росрыболовстве отсутствует утвержденный внутренний акт по определению нормативов материальных и трудовых затрат на выполнение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, что приводит к неэффективному использованию средств федерального бюджета. Так, установлено неэффективное использование средств федерального бюджета в сумме 53 млн. рублей.
Кроме того, средства федерального бюджета, выделенные Росрыболовству в 2009 году, в форме бюджетных инвестиций в объекты капитального строительства государственной собственности Российской Федерации, использованы неэффективно. При реализации мероприятий непрограммной части ФАИП неисполненные назначения составили 80,3 млн. рублей, или 63,6% от доведенных лимитов бюджетных обязательств на 2009 год. В рамках реализации мероприятий ФЦП "Повышение эффективности использования и развитие ресурсного потенциала рыбохозяйственного комплекса в 2009-2013 годах" в 2009 году всего освоено 1 271,9 млн. рублей бюджетных средств, или 46,6% от показателей, утвержденных Росрыболовству паспортом ФЦП. Кроме того, из 10 объектов, по которым строительство должно было закончиться в 2009 году, строительство закончено только по 4 объектам.
Коллегия решила направить представление в Росрыболовство. Информационное письмо в Правительство России. Заключение о результатах внешней проверки будет направлено в палаты Федерального Собрания одновременно с Заключением Счетной палаты на отчет об исполнении федерального бюджета за 2009 г.