Являясь с 1999 по 2000 гг главой администрации города Трехгорный - закрытого территориального образования, пояснила прокуратура Челябинской области, Н.Лубенец "незаконно предоставлял дополнительные налоговые льготы не имевшим на них право организациям, зарегистрированным в городе, но осуществляющим добывающую и нефтеперерабатывающую деятельность на других территориях России".
Таким образом Н.Лубенец обеспечил возможность "группе лиц в составе Михаила Ходорковского, Платона Лебедева, Владислава Карташова" и других уклониться от уплаты налогов и сборов в федеральный бюджет, бюджеты Самарской, Томской областей, Красноярского края, Ханты-Мансийского автономного округа на сумму более 10 млрд руб, подчеркивается в заявлении прокуратуры.