Федеральный закон от 22 августа 2004 г N122-ФЗ признал утратившей силу статью 126 Водного кодекса РФ, предусматривающую взимание сбора за выдачу лицензий на водопользование специально уполномоченным государственным органом управления использованием и охраной водного фонда, а также представление им в органы исполнительной власти субъектов РФ предложений по определению размера сбора.
Федеральными законами от 31 декабря 2005 г N199-ФЗ и от 22 августа 2004 г N122-ФЗ были внесены изменения в Водный кодекс РФ, в частности, в статью 90. Предусматривается, что лимиты водопользования - водопотребления и водоотведения - субъектам РФ по водным объектам устанавливаются федеральным органом исполнительной власти в области управления использованием и охраной водного фонда. Установление лимитов водопользования по обособленным водным объектам /замкнутым водоемам/ для граждан и юридических лиц осуществляется органом государственной власти субъекта РФ.
Кроме того, утратила силу часть третья статьи 90 Водного кодекса РФ, предусматривающая установление по водным объектам, находящимся в собственности субъектов РФ, лимитов водопользования органами исполнительной власти субъектов РФ по представлению специально уполномоченного государственного органа управления использованием и охраной водного фонда, осуществляющего полномочия на территории соответствующего субъекта РФ.
Кроме этого, в положении предлагается уточнить, что Федеральное агентство водных ресурсов разрабатывает нормативы предельно допустимых вредных воздействий на водные объекты, согласовывает их и представляет на утверждение в Министерство природных ресурсов РФ.