Федеральным законом "О рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов" функции управления федеральной собственностью на водные биологические ресурсы закреплены за федеральным органом исполнительной власти в области рыболовства. Согласно типовому регламенту взаимодействия федеральных органов исполнительной власти, федеральные органы исполнительной власти, в соответствии со статьей 78 Конституции РФ, для осуществления своих полномочий могут создавать территориальные органы.
По мнению Минсельхоза, значительное количество функций, возложенных на федеральный орган исполнительной власти в области рыболовства, целесообразно осуществлять "на местах" - в регионах, то есть территориальными органами.
К компетенции территориальных органов Росрыболовства предполагается отнести:
- заключение и расторжение договоров о закреплении долей в общем объеме квот добычи /вылова/ водных биоресурсов, ведение реестра договоров для формирования единого реестра, сбор информации по соблюдению условий заключенных договоров;
- проведение аукционов по продаже квот добычи /вылова/ вновь введенных для промысла водных биоресурсов, долей в общем объеме промышленных квот на вылов /добычу/ водных биоресурсов, а также долей, реализуемых на вторичном рынке /оборот долей/;
- организацию и проведение конкурсов на право заключения договора пользования рыбопромысловым участком и заключение /расторжение/ договоров пользования рыбопромысловым участком;
- организацию деятельности по осуществлению искусственного и естественного воспроизводства водных биоресурсов;
- осуществление госучета водных биологических ресурсов;
- определение категории водных объектов рыбохозяйственного значения и особенностей их использования;
- формирование и ведение реестра пользователей водными биологическими ресурсами и передача данных в Росрыболовство для формирования единого реестра;
- обеспечение поступления госпошлины за госрегистрацию морских судов, судов внутреннего плавания, судов смешанного /река-море/ плавания, за выдачу свидетельств о праве собственности на судно, о праве плавания и другие юридические значимые действия;
- организацию дипломирования и оценка компетентности персонала судов рыбопромыслового флота;
- осуществление выдачи и хранения паспортов моряка;
- проведение конкурсов и заключение госконтрактов на размещение заказов на поставку товаров, оказание услуг и выполнение работ для госнужд.
Территориальные органы планируется создавать путем выделения необходимой численности и имущества из состава федеральных госучреждений по сохранению, воспроизводству водных биоресурсов и организации рыболовства, находящихся в ведении Росрыболовства, а также в пределах средств, предусмотренных в федеральном бюджете на 2006 г. При этом будет произведено сокращение численности работников федеральных госучреждений на 1562 единицы с целью высвобождения финансовых средств для формирования территориальных органов.
Предельную численность государственных служащих территориальных органов Росрыболовства предлагается установить в количестве 1200 человек.
Ожидается, что создание территориальных органов Росрыболовства по межрегиональному принципу позволит в полном объеме выполнять возложенные на агентство функции в сфере рыбохозяйственной деятельности, рационального использования, изучения, сохранения и воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания и сформировать эффективную систему управления в указанной сфере. Создание территориальных органов позволит повысить качество предоставляемых государственных услуг в области рыболовства, эффективность управления государственным имуществом.
Указанный вопрос был рассмотрен на заседаниях правительственной комиссии по проведению административной реформы, которая признала целесообразным создание территориальных органов Федерального агентства по рыболовству.