Органами следствия они обвиняются в совершении преступлений, предусмотренных пп. "а, б" ч.3 ст.160, ч.3 ст.174, ч.4 ст.160 и ч.4 ст.174-1 УК РФ: хищение чужого имущества, вверенного виновному, с использованием своего служебного положения организованной группой в крупном и особо крупном размерах; совершение с использованием своего служебного положения организованной группой в крупном размере финансовых операций и других сделок с денежными средствами и иным имуществом, приобретёнными заведомо незаконным путём, а также использование их для осуществления предпринимательской и иной экономической деятельности.
В ходе предварительного следствия установлено, что обвиняемые в составе организованной группы с основными акционерами ОАО "НК "ЮКОС" и другими лицами совершили хищение путём присвоения акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" в период с 6 ноября по 12 июня 1998 гг на сумму 3,6 млрд руб, легализацию похищенных акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" в 1998-2000 гг на эту же сумму, хищение путём присвоения нефти дочерних акционерных обществ ОАО "НК ЮКОС" в 1998-2003 гг нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" ВНК на сумму более 892,4 млрд руб и легализацию части этих средств в 1998-2004 гг в размере 487,4 млрд руб и 7,5 млрд долл.
Потерпевшими и гражданскими истцами по уголовному делу признаны физические и юридические лица, которым действиями обвиняемых причинён крупный и особо крупный ущерб.
Расследование по уголовному делу представляло особую сложность, так как было связано с выявлением свидетелей, установлением, изъятием и анализом большого объёма финансово-хозяйственной документации, производством судебных экспертиз, а также следственных действий с целью объективной проверки версий обвиняемых и показаний свидетелей и потерпевших.
