Кроме того, правительственная комиссия по проведению административной реформы приняла решение об определении Министерства регионального развития РФ ответственным за координацию деятельности других федеральных органов исполнительной власти по вопросам создания, упразднения и социально-экономического развития закрытых административно-территориальных образований /ЗАТО/, а также совершенствования законодательства РФ в области функционирования ЗАТО.
Несмотря на то, что каждое ЗАТО имеет свою специфику, большинство вопросов их функционирования имеет общий, комплексный характер, требует системного подхода, учета перспективы развития ЗАТО, интересов граждан и государства. В связи с этим существует необходимость координации деятельности федеральных органов исполнительной власти, связанной с функционированием ЗАТО.
В соответствии с постановлением правительства РФ "О координации деятельности федеральных органов исполнительной власти по вопросам функционирования закрытых административно-территориальных образований", федеральным органом исполнительной власти, координирующим деятельность иных федеральных органов исполнительной власти, связанную с обеспечением функционирования ЗАТО и подготовкой предложений по вопросам создания, упразднения и социально-экономического развития ЗАТО, а также совершенствования законодательства РФ в области функционирования ЗАТО, было определено Министерство экономики РФ.
Вместе с тем ЗАТО являются муниципальными образованиями со статусом городского округа. В соответствии с постановлением правительства РФ "Об утверждении Положения о Министерстве регионального развития Российской Федерации и о внесении изменений в некоторые акты Правительства Российской Федерации", Минрегион РФ является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере социально-экономического развития муниципальных образований.