Реализация комплекса мероприятий программы должна обеспечить повышение готовности органов управления и сил к решению задач преодоления последствий радиационных аварий; улучшение состояния окружающей среды; реабилитацию и возврат в сферу хозяйственной деятельности загрязненных территорий; условия радиационно безопасной жизнедеятельности и медико-социальной защиты наиболее пострадавших категорий населения; медицинскую помощь лицам с наибольшим риском реализации негативных последствий радиационного воздействия; содействие повышению уровня и качества жизни населения на основе создания условий для динамичного и устойчивого экономического роста территорий, подвергшихся радиационному воздействию.
Госзаказчиком - координатором ФЦП определено МЧС России. Госзаказчиками программы также стали Минсельхоз, ФМБА, Роспотребнадзор, Росгидромет и Рослесхоз. МЧС поручено обеспечить разработку проекта программы, а Минэкономразвития - представить его в установленном порядке в правительство РФ.