Кодекс содержит положения по регулированию государственного управления и государственного надзора в области торгового мореплавания и, соответственно, указания относительно компетенции федеральных органов исполнительной власти в указанных сферах. В соответствии со статьей 84 Кодекса за нарушение правил, касающихся безопасности мореплавания и порядка в порту, капитан морского порта вправе налагать административные взыскания в соответствии с законодательством РФ
В то же время иные статьи Кодекса, предусматривающие применение мер административной ответственности на морском транспорте, не подкреплены соответствующими положениями КоАП РФ.
Так, статьей 51 Кодекса предусмотрено, что лицо, уклоняющееся от обязательной регистрации судна, зарегистрировавшее его в одном из реестров судов с нарушением установленного порядка или нарушившее обязанность информирования об изменении сведений, вносимых в реестры судов, несет административную ответственность в соответствии с законодательством РФ.
В соответствии со статьей 90 Кодекса, в районах обязательной лоцманской проводки судов капитан судна не вправе осуществлять плавание без лоцмана, за исключением случаев, если судно относится к категории судов, освобождаемых от обязательной лоцманской проводки, или капитану судна предоставлено право осуществлять плавание без лоцмана капитаном морского порта в установленном порядке. Капитан судна, нарушивший данное правило, несет административную ответственность в соответствии с законодательством РФ.
В соответствии со статьей 95 Кодекса, капитан судна объявляет лоцману точные данные об осадке, о длине, ширине и вместимости судна, которые вносятся в лоцманскую квитанцию, подписываемую капитаном судна. Лоцман вправе потребовать от капитана судна объявления иных данных о судне /маневренных характеристик и других/, которые необходимы лоцману для осуществления лоцманской проводки судна. При этом пункт 2 данной статьи устанавливает, что за необъявление или неправильное объявление данных о судне, капитан судна несет административную ответственность в соответствии с законодательством РФ.
Отсутствие соответствующих составов правонарушений в КоАП РФ делает невозможным применение на практике статей 51, 90 и 95 Кодекса. В этой связи законопроектом предлагается внести в КоАП РФ изменения, предусматривающие введение административной ответственности, предусмотренной статьями 51, 90 и 95 Кодекса.