Отказать в применении имущественного налогового вычета налоговые органы могут только по следующим основаниям:
1) оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) производится за счет средств работодателей или иных лиц
2) оплата производиться из средств материнского (семейного) капитала
3) за счет выплат, предоставленных из средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов
4) если сделка купли-продажи жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии со статьей 20 НК.
Таким образом, приобретение квартиры за счет средств полученных от реализации паев ПИФ не является основанием для отказа в получении имущественного налогового вычета предусмотренного п. 2 ст. 220 НК РФ.